クロノトリガー

旅立ち！夢見る千年祭

ガルディア王国で建国千年を祝う祭りが始まり、クロノも千年祭会場のリーネ広場を訪れる。クロノはリーネの鐘の前でマールという名の少女に出会い、その後幼なじみのルッカの新発明である転移装置を見に行く。マールが転送装置に乗ったところ、彼女のペンダントが装置と共鳴を起こし、弾みで開いた時空の穴にマールが飲み込まれてしまう。クロノはその場に落ちていたペンダントを拾い、彼女の後を追うべく転送装置に入る。

帰ってきた王妃

穴を通った先はA.D.600年のガルディア王国だった。クロノはガルディア城でマールと再会するが、彼の目の前でマールの姿が消えてしまう。

消えた王女

後を追ってきたルッカによれば、マールはこの時代の王妃リーネの子孫に当たり、リーネとマールがすり替わった事で、リーネの命が危ぶまれている（もしリーネが殺されれば、その子孫であるマールは存在する事ができない。過去の事象が未来に反映されるトリックは以後も多数登場する）。クロノ達は村はずれの修道院に乗り込み、カエル剣士と共に本物のリーネを救出する。

ただいま！

現代に戻りマールをガルディア城に連れ帰ったクロノであったが、彼はマール誘拐を企てたテロリストとして裁判にかけられる。

王国裁判

大臣の計略によって処刑されそうになるが、助けに来たルッカと共に刑務所を脱出する。この件で王に反発したマールと合流し、森の外れに突如出現したゲートに飛び込む。

廃墟を越えて……

飛び込んだゲートの先は、機械化された構造物が並ぶ荒廃した世界であった。廃墟を抜けた先で、ドームの地下を探索したところ、恐るべき事実が判明する。ここはクロノ達の未来で、謎の巨大モンスターラヴォスによって破壊された後の世界であった。この未来を変えるべく、彼らは運命と戦う決意を固める。

不思議の国の工場跡

廃墟を更に越えた先で、クロノ達は1体の壊れたロボットを見つける。ルッカの修理により回復したロボの話によると、扉の先にゲートがあるが、電源がなければ扉が開かない。クロノ達はロボを連れ近くの工場に向かい、非常電源のスイッチを入れたことで、ロボと同型のロボット達と戦う。

時の最果て

裏切り者として処分されそうになったロボを修理し、クロノ達は全員でゲートに飛び込む。その時、時空のゆがみが生じ、一行は時の最果てと呼ばれる場所に着く。そこで一人の老人と戦の神スペッキオに会い、魔法の能力をスペッキオからさずかる。4人以上が同時にゲートを通過するのは危険なため、これ以降は3人で行動し、残りのメンバーは時の最果てに待機する事になる。

魔の村の人々

最果てから現代のメディーナ村に着いた一行は、そこで、A.D.600年に人々を恐怖に陥れていた魔王がラヴォスを生み出したという話を聞く。魔王を倒す事を決意し、リーネ広場にあるタイムゲートから再びA.D.600年の時代に向うため、村外れの洞窟を通り王国に戻る。

現れた伝説の勇者

A.D.600年に戻り、ゼナンの橋で魔王軍の将軍ビネガーの部隊を破ったクロノ達は、デナドロ山の洞窟で双子の精霊グランとリオンを見つける。彼らと戦い力を認められたクロノ達は、折れた聖剣グランドリオンを手に入れる。

タータとカエル

その後一行は、リーネ姫救出の際一緒に戦ったカエルを訪ねるが、カエルはクロノ達を相手にしない。だがクロノ達は、隠れ家に保管されていたグランドリオンの柄を見つける。そこには400年後の時代、つまり現代で生活するボッシュの名前が、しかも古代文字で刻まれていた。

メディーナ村の外れで武器屋を営むボッシュ。彼が話では、原始時代に存在したとされる赤い石"ドリストーン"があれば、グランドリオンを修理できるという。そこでクロノ達はゲートで原始時代に向かう。

赤い石めずらしい石

着いた矢先に恐竜人に襲われるも、そこにイオカ村の女酋長エイラが現れ恐竜人を蹴散らしていく。彼女に気に入られたクロノ達は村に案内され、宴の席でドリストーンを譲り受ける事を許される。

足跡！追跡！！

翌朝、目を覚ますと時間転移に必要なゲートホルダーがなくなっていた。エイラがクロノに好意的な事に嫉妬を覚えたキーノが盗んだのだ。更にキーノも恐竜人にゲートホルダーを奪われていた。ゲートホルダーをとりかえすため、エイラを仲間に加えたクロノ達は恐竜人のアジトに乗り込みゲートホルダーを取り返す。エイラと別れ、ボッシュにドリストーンを届ける事で、グランドリオンは復活する。

決戦！魔王城！！

復活したグランドリオンを持って再びカエルの元にやってきた一行。復活した聖剣に驚くカエルだが、かつて親友サイラスと共に魔王と戦った時の事を思い出す。そしてカエルは魔王ともう一度戦う決意をする。カエルの携えるグランドリオンは閃光を発し、魔王城への道をふさぐ魔岩窟を一刀両断。彼らは魔王城に侵入する。

魔王城では数多くの魔物と、配下の3将軍が待ち受けていた。外法剣士ソイソー、空魔士マヨネー、そしてビネガー。配下を退けつつ、彼らは魔王の元にたどり着く。一行は魔王に戦いを挑み、辛くも魔王を打ち倒す。しかし魔王はラヴォスを生み出したのではなく、太古から地中に眠るラヴォスを呼び出そうとしたにすぎなかった。魔王の制御を離れたラヴォスの力が暴走し、突如あらわれたゲートに、クロノ達は魔王城もろとも飲み込まれる。

気がつけば原始

気がつくとクロノ達は原始時代のイオカ村にいた。だが彼らと共にゲートに飲み込まれたはずの魔王の姿はそこになかった。

空には、以前原始時代に来た時にはなかった、赤い星が輝いていた。その頃人間達の集落、ラルバ村が恐竜人に見つかり焼き払われ、ラルバ村の様子を見に行ったキーノも連れ去られてしまう。決戦が避けられない事を悟ったエイラは、クロノ達と北の山に住む翼竜プテランに乗り、恐竜人の本拠地ティラン城へ向かう。

大地のおきて

一行はティラン城でとらわれのキーノ達を助けた後、頂上でアザーラと対峙する。クロノ達がアザーラをやぶると、彼は恐竜人の絶滅を予言し、エイラ達人類に未来を託す。クロノ達がプテランでティラン城を脱出した直後ティラン城をめがけて彗星が落下、それをみてエイラがつぶやいた言葉にクロノ達は驚く。「ラヴォス…」ラヴォスとはエイラ達の言葉で大きな火の意味。ラヴォスとはこの時宇宙から飛来した巨大生命体の事であったのだ。

ティラン城は、ラヴォス激突の衝撃によって跡形もなくなり、そこには巨大なクレーターと、一つのゲートが残されていた。

魔法の王国ジール

ティラン城跡のゲートは、B.C.12,000年の古代世界につながっていた。浮遊大陸にある魔法王国ジールには魔力を利用した高度な文明があり、地中深くに眠るラヴォスの力を利用していた。王国の女王ジールは、ラヴォスの力によって永遠の命を得ようとしている。彼女には娘サラと息子ジャキがいる。また、少し前に謎の予言者が現れ、女王の信頼を得て側近になったという。

一行はサラがマールの持つのと同じ型のペンダントを使い、不思議な模様のついた扉を開けるのを目撃する。魔神器から湧き出すラヴォスの力をペンダントに宿す事で、クロノ達も扉の封印を解けるようになる。しかし一行は、玉座の間でジール達に捕らえられ、古代世界から追放されてしまう。その際サラによって行方不明の命の賢者を捜すよう依頼される。

解けよ封印呼べよ嵐

一行は、未来の世界にもペンダントで開く扉があった事を思い出す。クロノ達はそこで、未来でラヴォスの監視を続けていた理の賢者ガッシュが残した最後の発明品、タイムマシン"シルバード"を手に入れる。

なげきの山の賢者様

シルバードで古代に戻った一行は、地上につながれた岩山"なげきの山"に行き、その頂上で命の賢者を救出する。命の賢者とは現代にて武器商人をしていた、ボッシュその人であった。

天空で待つものは

その頃、ラヴォスの力を引き出すための施設「海底神殿」が完成をしていた。一行はボッシュから魔神器と同じ赤い石でできたナイフを受け取り、女王の野望を止めに行く。

ラヴォスの呼び声

クロノ達は、海底神殿に潜入し、魔神器に赤い石のナイフを突き刺す。それでもラヴォスエネルギーは抑えきれず、目覚めたラヴォスが一行に襲いかかる。その圧倒的な強さにクロノ達も歯が立たない。その時、予言者がローブを脱ぎ捨て姿をあらわにする。なんと彼は魔王であり、ラヴォスをその手で倒そうとする。しかし魔王もラヴォスにはかなわない。ラヴォスと一体になった女王がとどめを刺そうとした時、かろうじて立ち上がったクロノが仲間をかばい、跡形もなく消滅してしまう。サラは残された二人と魔王をペンダントに残った力で地上に逃がす。

古代の新王

ラヴォスの力は地上を引き裂き、浮遊大陸を墜落させ大津波を引き起こす。大災害により地の民もジールの民もわずかな生き残りを残すだけになった。生き残りの集落で目を覚ました仲間達は、ジールの側近だったダルトンに捕らえらる。しかし監房を脱出した一行によってダルトンはあっけなく倒され、シルバードも奪還する。

一行は北の岬で流れ着いた魔王に会う。彼は自らの生い立ちを語った後、クロノを取り戻す方法を時の賢者ハッシュが知っていると語る。ハッシュを捜すべくシルバードに乗ったその時、海底神殿が宙に浮く巨大な要塞「黒の夢」となって地上に現れる。

時の卵

時の最果てに住む老人こそが賢者ハッシュであった。彼は小さな卵を一行に渡す。それは、彼がジールにいた頃研究していた時の卵「クロノ・トリガー」であった。未来世界の死の山の頂上で一行は失われた時を取り戻すべく時の卵を使う。するとゲートが出現し、クロノが消滅した瞬間に時が止まった状態で戻った一行は、クロノと偽者の人形をすり替える。こうして、クロノは再び仲間達の元に戻ってきた。

運命の時へ……

時を超え全ての時代の宙に浮かぶ海底神殿"黒の夢"、その奥には壊れた魔神器、そしてラヴォスの力を取り込んだジールがいた。ジールの力で蘇り襲いかかる魔神器、ラヴォスの力で変身したジールと戦い、これを倒す。ジールはその身と黒の夢をラヴォスに捧げてAD1,999年のラヴォスの日へと時空を繋げる。

星の夢の終わりに

様々な形態を取って襲いかかるラヴォスの外殻を破り、ラヴォスの体内で本体を倒すと、ラヴォスはその真の姿をあらわす。星に寄生しその全ての生命の進化を吸収した後星を破壊し、死の山にて子供を生み宇宙に散らばらせる究極の生命体がラヴォスだった。一行は星の未来を変えるため、ラヴォスに最終決戦を挑む。

マルチイベント

ゲームクリアに際して、以下のイベントをこなすかどうかはプレイヤーの任意で決められる。マルチイベントをクリアするとエンディングにちょっとした変化が現れる。

B.C.12,000年で、女王の言いつけにより苗木を燃やすべきか悩むジールの住民に、苗木を残すように言うと、その苗木が代々受け継がれていく。A.D.600年にこの苗木を植え砂漠を緑あふれる森に変えようとする者がいるが、地底砂漠に巣くうモンスター・メルフィックのため木を植えてもすぐに枯れてしまう。モンスター退治後、木は植えられるが、砂漠を緑に変えるには数百年の時間と多くの人手が必要になる。そこで数百年間停止せずに働けるロボが志願、A.D.1,000年における砂漠が大森林となり「フィオナ神殿」が建つ。フィオナ神殿で停止した状態で祀られていたロボを回収し森でこれまでのことを回想する。ロボは数百年の間に推測した話として、タイムゲートはラヴォスの力によってのみ生まれるものではなく、死に逝く星の走馬灯や夢のようなものなのではないかと語る。皆が寝静まった後、眠れずにふと一人歩き回っていたルッカの目の前に、かつてルッカの母ララが遭遇した事故の現場にタイムスリップするゲートが現れる。
B.C.12,000年の浮遊大陸と共に海に沈んだ太陽神殿が、A.D.1,999年のラヴォスの地上出現で起こった地殻変動により、A.D.2,300年の地表に現れている。太陽石は1万年以上の歳月の中で魔物と化しており、戦いに勝つと太陽石に戻るが、蓄えていた太陽エネルギーを失い暗黒石となっていた。そのため、再び長い年月をかけて日光を照射し、太陽石としての力を取り戻させる。
A.D.600年、廃墟となった魔王城の近くに、ビネガー達は新たな居城「ビネガーの館」を構え、魔族の新たなリーダーとして居座っていた。ビネガー、マヨネー、ソイソーとの最終決戦に挑む。
A.D.600年の世界で、冒険家トマは虹色の貝殻のありかを発見していた。そこはB.C.65,000,000年のラヴォス墜落で地中に埋もれたティラン城の遺跡「巨人のツメ」であった。遺跡の奥で発見された虹色の貝殻はそのまま中世の王城の宝物庫に納められる。A.D.1,000年、大臣の策略によりガルディア33世がこうして収められた「虹色の貝殻」を売り払ったとして裁判にかけられる。マールは父を救うために現在も宝物庫に貝殻があることを証明し大臣の陰謀を暴き、父との和解を果たす。
かつて魔王に敗れ亡くなった勇者サイラスは、その無念から成仏できないでいた。カエルは彼の墓前に赴き、そこで自らの迷いを払拭しグランドリオンの真の力を引き出す心の強さを得る。
A.D.2,300年、ロボ達Rシリーズの製造工場の中枢マザーブレーンが「ジェノサイドーム」で人間を脅かす計画を実行しようとしていた。ロボは自らの創造主であるマザーブレーンに戦いを挑み、Rシリーズの姉妹機であるアトロポスとの辛い戦いを経て、マザーブレーンを打ち倒す。